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L'acquisizione dell'immagine vera e propria viene comandata da un calcolatore: un programma esegue la movimentazione campione, tramite comandi inviati ai circuti controllori di un motore passo-passo, e sincronizza con questo movimento l'elettronica di lettura. Il risultato finale memorizzato dal calcolatore è una matrice ciascun elemento della quale contiene un numero corrispondente al numero di fotoni da assegnare ad un dato pixel. I dati grezzi così ottenuti vengono trasferiti ad un secondo calcolatore per la successiva elaborazione: dopo una normalizzazione, per tenere conto delle leggere differenze di guadagno tra i vari canali del rivelatore, l'operazione tipica consiste nella manipolazione della scala dei grigi. Questo permette ad esempio di aumentare il contrasto dell'immagine grezza e di evidenziare dettagli della stessa più o meno densi.